Das Ende von Evangelion: 3.0+1.01 Thrice Upon A Time ist ein emotionaler und symbolträchtiger Abschluss der "Rebuild of EVANGELION"-Reihe. Nach einem epischen Kampf zwischen den EVA-Einheiten, in dem Shinji gegen seinen Vater Gendo antritt, erreicht die Handlung ihren Höhepunkt. Shinji gelingt es, den Kreislauf von Schmerz und Wiederholung zu durchbrechen, indem er sich für eine Welt ohne EVAs entscheidet. Dies führt zu einer Neugestaltung der Realität, in der die Menschheit eine Chance auf einen Neuanfang ohne die Last der Engel und der EVAs hat. Der Film endet mit einer fast surrealen Szene, in der Shinji in einer friedlichen, alltäglichen Welt erwacht, ohne die Zerstörung und Verzweiflung, die ihn bisher umgeben haben. Hier trifft er auf Mari, und es ist angedeutet, dass Shinji endlich Frieden gefunden hat. Hideaki Anno, der Regisseur, hat in Interviews erklärt, dass dieses Ende eine Botschaft der Hoffnung und des Wachstums vermittelt. Shinji hat seine inneren Dämonen überwunden und tritt in eine Welt ein, die von den Fehlern der Vergangenheit befreit ist. Das "Bye-bye, all of EVANGELION" im Titel spiegelt diesen Neuanfang wider. Anno wollte einen Schlussstrich ziehen, sowohl für die Charaktere als auch für die Serie selbst. Es ist ein Abschied von der alten Welt und ein Schritt in eine neue, in der die Charaktere die Möglichkeit haben, ihre eigenen Wege zu gehen, ohne von der Last der EVAs und ihrer Vergangenheit erdrückt zu werden.