Regisseur Hideaki Anno hat in Interviews oft betont, dass "Evangelion: 3.0 - You Can (Not) Redo" stark von persönlichen Erfahrungen und Emotionen beeinflusst ist. Anno beschreibt den Film als eine Auseinandersetzung mit dem Gefühl der Entfremdung und des Verlustes. Er wollte die emotionale Isolation und das Unbehagen, das mit großen Veränderungen im Leben einhergeht, einfangen. Diese Themen spiegeln sich in Shinjis Erwachen nach 14 Jahren und seiner Unfähigkeit, sich in einer völlig veränderten Welt zurechtzufinden, wider. Annos eigene Kämpfe mit Depressionen und Selbstzweifeln flossen in die Darstellung von Shinjis emotionalem Zustand ein. Ein weiteres zentrales Thema, das Anno in Bezug auf den Film erwähnt hat, ist die Idee der Wiederholung und der Unmöglichkeit, die Vergangenheit ungeschehen zu machen. Der Untertitel "You Can (Not) Redo" spielt direkt auf diese Thematik an. In den Kommentaren zum Film spricht Anno darüber, wie Menschen oft das Bedürfnis verspüren, Fehler zu korrigieren, die Vergangenheit zu ändern oder verlorene Gelegenheiten zurückzugewinnen. Shinji ist in der Geschichte gefangen in dem Versuch, seine früheren Entscheidungen rückgängig zu machen, was ihn in einen Teufelskreis aus Schuld und Bedauern zieht. Anno hat zudem erläutert, dass die Beziehung zwischen Shinji und Kaworu als symbolisch für Hoffnung und Akzeptanz gesehen werden kann. Kaworu bietet Shinji eine Art emotionale Zuflucht und die Möglichkeit, sich selbst zu akzeptieren, trotz der Fehler der Vergangenheit. Diese Dynamik spiegelt Annos Wunsch wider, den Zuschauern zu zeigen, dass trotz der Unumkehrbarkeit der Vergangenheit immer Raum für Verständnis und Neubeginn bleibt.