Regisseur Hideaki Anno hat in Interviews immer wieder betont, dass "Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone" vor allem eine persönliche Auseinandersetzung mit Themen wie Isolation und Identität ist. Anno beschreibt den Charakter von Shinji Ikari als eine Projektion seiner eigenen Kämpfe mit Selbstakzeptanz und zwischenmenschlichen Beziehungen. Shinji steht symbolisch für die Herausforderung, sich selbst und die Welt um sich herum zu verstehen, was im Kontext der gigantischen Mecha-Kämpfe und der apokalyptischen Bedrohung durch die Engel verstärkt wird. Ein weiteres zentrales Thema, das Anno hervorhebt, ist die Spannung zwischen Technologie und Menschlichkeit. Die biomechanischen EVAs stellen nicht nur mächtige Waffen dar, sondern sind auch symbolisch für den Verlust von Menschlichkeit in einer zunehmend technologisierten Welt. Der Regisseur wollte die Frage aufwerfen, wie weit die Menschheit gehen sollte, um ihre Ziele zu erreichen, und welche Opfer dafür gebracht werden müssen. Der Konflikt von Shinji mit seinem Vater Gendo, der die NERV-Organisation leitet, verstärkt diese Thematik, indem er die persönlichen Konsequenzen von Entscheidungen im Namen des "größeren Wohls" beleuchtet. Anno hat außerdem oft über die symbolische Bedeutung der Engel gesprochen. Sie repräsentieren nicht nur äußere Bedrohungen, sondern auch die inneren Dämonen der Charaktere. Der Kampf gegen die Engel ist gleichzeitig ein Kampf gegen die eigenen Ängste und Unsicherheiten. Für Anno ist "Evangelion" daher weniger eine Geschichte über das Gute gegen das Böse, sondern eine über die Suche nach Sinn und Verbindung in einer chaotischen Welt.