Ihre erste Hauptrolle erhielt sie 2004 in dem Film „That Wonderful Split Night“ von Arsen Anton Ostojić. Mit dieser Rolle und ihrer authentischen Darstellung einer Heroinsüchtigen erwarb sich Marija bereits den schmeichelhaften Titel der talentiertesten kroatischen Schauspielerin. Die Jury des Sarajevo Film Festivals unter dem Vorsitz von Mike Leigh würdigte diesen Status offiziell und verlieh ihr im selben Jahr das Herz von Sarajevo, eine prestigeträchtige Auszeichnung für die beste schauspielerische Leistung einer Frau. Einen weiteren schauspielerischen Schub erhielt sie in einem der größten kommerziellen Erfolge Kroatiens, dem Film „What is a Man Without a Mustache“ (2005) von Hrvoje Hribar. Ihre energische Interpretation der herablassenden, etwas unhöflichen und groben älteren Schwester Ljubica bildete ein rationales Gegengewicht zu den Hauptfiguren und vervollständigte so die dramatische Struktur der Handlung. 2006 ließ sie ihre alte Liebe zu Sarajevo wieder aufleben und gewann zum zweiten Mal den „Herz von Sarajevo“-Preis des lokalen Filmfestivals für die beste weibliche Hauptrolle in Andrea Štakas Film „Miss“. Diesmal stellte Marija ihr schauspielerisches Talent in den Dienst der Darstellung des Mädchens Ana, deren unkonventionelles und unbändiges jugendliches Temperament alle, mit denen sie im turbulenten Leben in Kontakt kommt, nachhaltig beeinflusst. In dem Film spielte Marija an der Seite der größten Filmdiva der Region, Mirjana Karanović, und viele sahen in ihr die Nachfolgerin, während Mirjana Karanović sie in Interviews als eine der besten kroatischen Schauspielerinnen hervorhob. Es folgten zahlreiche kleinere Filmrollen in verschiedenen kroatischen Filmen, bevor sie 2010 Hauptrollen in dem deutschen Film „Shahada“ (der im Wettbewerb der Berlinale lief) und anschließend in Dalibor Matanićs Film „Mother of Asphalt“ erhielt. Für diese Rolle wurde sie beim 57. Filmfestival von Pula mit der Goldenen Arena als Beste Hauptdarstellerin und beim Internationalen Festival für audiovisuelle Programme in Paris mit dem Fipa d’Or Grand Prix als Beste Schauspielerin ausgezeichnet. Marija Škaričić zählt zu den gefragtesten und meistprämierten kroatischen Filmschauspielerinnen. Zwischen 2000 und 2010 wirkte sie in sage und schreibe 18 Spielfilmen mit – eine Zahl, die keine andere kroatische Schauspielerin vorweisen kann. Sie spielte außerdem in den Fernsehserien „Boomerang“ und „Operation Cayman“ mit und ist nur noch selten auf der Theaterbühne zu sehen.