Am Ende von Star Trek Into Darkness steht die Enterprise-Crew vor einer gewaltigen Herausforderung: Khan, der genmanipulierte Superschurke, hat Admiral Marcus getötet und strebt danach, seine eigenen Pläne umzusetzen. Nachdem Khan die Kontrolle über das feindliche Schiff, die "Vengeance", übernimmt, droht er die Enterprise zu zerstören. Kirk und Spock müssen zusammenarbeiten, um Khan zu stoppen. Kirk riskiert sein Leben, um den Warpantrieb der Enterprise zu reparieren, was zu seiner eigenen Strahlenvergiftung führt. In einer emotionalen Szene, die an den Tod von Spock in Star Trek II: Der Zorn des Khan erinnert, verabschieden sich Kirk und Spock durch eine Glasscheibe voneinander. Doch keine Panik: Dank Khans heilendem Blut kann Kirk wiederbelebt werden, was zeigt, dass manchmal sogar Erzfeinde nützlich sein können. Der Film endet mit der Crew, die sich auf eine Fünf-Jahres-Mission begibt, um das Universum zu erforschen. Kirk reflektiert, dass die Reise selbst das Ziel ist, und die Enterprise fliegt in die Sterne, bereit für neue Abenteuer. Regisseur J.J. Abrams hat in Interviews betont, dass es ihm wichtig war, die klassische "Star Trek"-Botschaft der Erkundung und Hoffnung in den Vordergrund zu stellen, während er gleichzeitig die Charaktere in neuen emotionalen Tiefen auslotet.