Stargate Universe beschreibt die Abenteuer eines heutigen multinationalen Erkundungsteams, das auf dem antiken Raumschiff Destiny reist, das viele Milliarden Lichtjahre von der Milchstraßengalaxie entfernt ist. Dorthin wurden sie nach einem Notfall evakuiert und versuchen nun, einen Weg zu finden, um zur Erde zurückzukehren, während sie gleichzeitig versuchen, den ihnen unbekannten Bereich des Universums zu erforschen und zu überleben.