Eine mysteriöse Gruppe von Ninjas startet einen Überraschungsangriff auf Konoha, bei dem die Stadt großen Schaden nimmt. Dadurch könnte der Alptraum aller Shinobi, ein weiterer Shinobi Weltkrieg, Realität werden. Sasuke, welcher Konoha verlassen hatte, um seinen Bruder Itachi zu töten, taucht erneut vor Naruto an einem unbekannten Ort auf, um diesen Krieg zu verhindern.