Das Ende von 'Auslöschung' lässt einige Fragen offen und sorgt sicherlich für Stirnrunzeln. Nachdem Lena es als einzige Überlebende aus der mysteriösen Area X zurückgeschafft hat, wird sie von Lomax befragt. Ihr Bericht über das, was passiert ist, ist lückenhaft und voller Unklarheiten. Besonders die Begegnung mit der humanoiden Kreatur im Leuchtturm ist entscheidend: Lena konfrontiert das Wesen, das ihre Gestalt nachahmt. Sie schafft es, das Wesen zu zerstören, indem sie eine Phosphorgranate zündet, die das ganze Leuchtturminnere in Flammen setzt. Zurück im Quarantänelager, trifft Lena auf ihren Ehemann Kane, der ebenfalls aus der Area X entkommen ist. Jedoch wird schnell klar, dass dieser Kane nicht der ursprüngliche ist. Der echte Kane hat sich selbst mit einer Phosphorgranate getötet, wie es in einem Video zu sehen ist. Der Kane, der zurückgekehrt ist, ist ein Doppelgänger, ein Produkt der seltsamen Transformationen in Area X. Als Lena ihn fragt, ob er Kane sei, antwortet er ausweichend. Der Film endet mit einem letzten Blick in Lenas Augen, die ein unheimliches Schimmern zeigen, was darauf hindeutet, dass auch sie nicht mehr dieselbe ist. Ob Lena ebenfalls ein Doppelgänger ist oder ob sie von der Transformation der Area X beeinflusst wurde, bleibt bewusst vage und regt zum Nachdenken an. Regisseur Alex Garland hat in Interviews erwähnt, dass das Ende absichtlich mehrdeutig gestaltet ist, um das Thema der Selbstzerstörung und Transformation zu unterstreichen. Die Frage, ob Lena wirklich sie selbst ist oder ob etwas von der Area X in ihr geblieben ist, soll das Publikum selbst beantworten. Es ist weniger eine Frage des "Was ist passiert?", sondern eher "Was bedeutet das für die Figuren?". Die Antwort liegt irgendwo zwischen persönlicher Veränderung und dem Unausweichlichen des Unbekannten.